Michelangelo, Donatello, Leonardo og Raphael er tilbage i biografen til sommer, hvor de sammen med April O’Neil (Megan Fox), Vern Fenwick (Will Arnett) og den nye mand på holdet, selvtægtsmanden Casey Jones (Stephen Amell), står over for endnu større og ondere skurke. Superskurken Shredder er flygtet fra fængslet og sammen med den gale videnskabsmand Baxter Stockman (Tyler Perry) og hans to knap så kvikke håndlangere Bebop (Gary Anthony Williams) og Rocksteady (WWE superstjernen Stephen “Sheamus” Farrelly) planlægger de at overtager verdensherredømmet. Skildpadderne gør sig klar til at tage kampen op mod Shredder og hans nye bande samtidig med, at en endnu større skurk gør sin entré: den berygtede Krang.