Gennem en revolutionerende teknologi, som åbner op for genetiske minder, oplever Callum Lynch (Michael Fassbender) hans forfader Aguilars eventyr i 1400-tallets Spanien. Callum opdager, at han nedstammer fra et mystisk og hemmeligt broderskab, the Assasins, hvilket betyder at han selv besidder utrolige evner og en imponerende viden. Det gør ham i stand til at tage kampen op mod den undertrykkende og magtfulde Templar organisation i nutidens virkelighed.