Siden tidernes morgen blev han tilbedt som en gud – Apocalypse er den første og mest magtfulde mutant fra Marvel’s X-Men univers. Han akkumulerer kræfter fra andre mutanter og er både udødelig og uovervindelig. Da han vågner efter tusinde af år, er han skuffet over den verden, han oplever, og rekrutterer et hold af stærke mutanter, deriblandt den modløse Magneto (Michael Fassbender), for at udrydde menneskeheden og skabe en ny verdensorden, som han kan regere. Verdens skæbne hænger i en tynd tråd, og Raven (Jennifer Lawrence) må i samarbejde med Professor X (James McAvoy) lede en gruppe af unge X-Men for at stoppe deres værste fjende og redde mennesket fra udslettelse.